يتولى مكتب التخطيط والمتابعة إعداد خطط واستراتيجيات العمل بالقطاع وإعداد التقارير الشهرية والسنوية عن سير العمل والميزانية السنوية والخطة الخمسية كما يقوم بإصدار وتدقيق الدفعات الشهرية والختامية لمشاريع واتفاقيات القطاع .
ويتكون مكتب التخطيط والمتابعة من القسمين الآتيين :-
- قسم التخطيط .
- قسم المحاسبة .