يتولى مكتب التخطيط والمتابعة إعداد الخطط واستراتيجيات العمل بقطاع شئون الهندسة الصحية وتجهيز التقارير الشهرية والسنوية عن سير العمل والميزانية السنوية والخطة الخمسية كما يقوم بإصدار وتدقيق الدفعات الشهرية والختامية لمشاريع واتفاقيات القطاع .
ويتكون مكتب التخطيط والمتابعة من القسمين الآتيين :
- قسم التخطيط.
- قسم المحاسبة.
