تتولى إدارة التنفيذ الإشراف على تنفيذ عقود مشاريع الهندسة الصحية وتتكون إدارة التنفيذ من القسمين الآتيين :
-
قسم الإشراف
- قسم نظم المشاريع
حيث يتم الإشراف على تسليم مواقع العمل للمقاولين بالتنسيق من قسم الخدمات المساندة وإعداد أمر المباشرة بالعمل ، وكذلك الإشراف على تنفيذ مشاريع الهندسة الصحية والتأكد من مطابقة الأعمال المنفذة والمواد المستخدمة لشروط ومواصفات العقد ، بالإضافة إلى مراجعة مستندات وكميات الأعمال المنجزة شهريا والكميات النهائية المقدمة من المشاريع وتدقيقها مع جداول كميات العقد والتأكد من عدم وجود أي تجاوز بها مع الإدارات المعنية .