يتولى قطاع شئون الهندسة الصحية إعداد التصاميم والإشراف على تنفيذ شبكات خطوط المجاري الصحية ومحطات الرفع والضخ وتشغيل وصيانة محطات تنقية مياه الصرف الصحي ومحطات الري ومنشآتها . ويتكون قطاع شئون الهندسة الصحية من الإدارات والوحدات التنظيمية الآتية المزيد